La palmera canaria ha hibridado con gran facilidad con la palmera datilera -P. dactylifera-, hasta tal punto que hay diversos grados, y en muchos ejemplares resulta difícil establecer claras diferencias morfológicas. Cuando no hay hibridación, la identificación es más fácil, ya que la palmera canaria es más robusta, verde y frondosa, con las hojas juveniles más pinchonas, mientras la datilera es más delgada, de copa más grisácea o azulada y dátiles mucho mayores. Sin embargo, la gran variabilidad morfológica que presenta la palmera canaria puede llevar a errores.

Esta “contaminación” genética no es un problema en la mayor parte del mundo, donde no deja de ser una especie foránea de uso ornamental, pero constituye un serio problema para la conservación de la especie nativa en las islas Canarias. La presencia de híbridos es mucho más frecuente en zonas ajardinadas y parques canarios, a pesar de que en los últimos años se ha dejado prácticamente de cultivar palmera datilera en los viveros canarios y se ha apostado fuertemente por recuperar la especie endémica del archipiélago. Por ello actualmente está prohibida la entrada de Phoenix desde fuera de las islas.